Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Surabaya yang sekarang berdiri di JL. KH Mas Mansyur No. 180 – 182 Surabaya menyimpan catatan sejarah sendiri dalam perkembangannya. Tapak – tapak sejarah tersebut memiliki nilai tersendiri karena melibatkan tokoh – tokoh nasional. Sejarah yang sangat bermakna tersebut yang merupakan cikal bakal berdirinya Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Surabaya seperti sekarang ini.

Berawal dari sebuah P.K.U (Penolong Kesengsaraan Umum) Muhammadiyah urusan musytasyfa (Balai Kesehatan) yang pada ahad pagi tanggal 14 september 1924 resmi dibuka di Jl. Sidodadi No. 57 Surabaya. Pada peresmian itu hadir Pengurus Besar Muhammadiyah antara lain : K.H. Syudja’ dan H. Hadikusumo dan juga dihadiri Direktur C.B.Z Simpang dr. Tamm. Turut hadir dr. Soetomo dan K.H. Mas Mansyur selaku tuan rumah. Di dalam sambutan pidato yang disampaikan oleh dr. Soetomo, beliau dan kawan-kawannya menyatakan kesanggupan untuk memberikan bantuan tenaga kepada PKU Muhammadiyah dalam hal ini Balai Kesehatan dengan sukarela. Dokter-dokter tersebut antara lain : dr. Soetopo, dr. Sardjono, dr. Heerdjan, dr. Soewarno, dr. Soeratman, dr. Soehardjo, dr. Soerjatin, dr. Soekardi, dr. Irsan, dr. Muwaladi, dr. Saleh, dr. Djojohusodo, dr. J.W. Grootings, dr. Aziz, dr. P.H.F. Neynhoff, dr. A.J.F. Tilung dan dr. Rabain. Para dokter tersebut memberikan bantuan tenaga menurut giliran waktu dan keahliannya. Kemudian dr. Soedjono-lah yang sehari-harinya menjadi dokter tetap di PKU Muhammadiyah sesuai kesepakatan para dokter tersebut. Tak berselang lama setelah pembukaan klinik PKU Muhammadiyah, kira-kira 3,5 bulan setelah berdiri, PKU Muhammaduiyah telah memberikan pertolongan pengobatan kira-kira 3975 orang pasien. Kemudian pada tahun 1925, PKU Muhammadiyah pindah ke gedung yang agak luas di Jl. Karangtembok (Pegirian). Setelah menempati gedung barunya tersebut, PKU Muhammadiyah mendapat kunjungan dari G.G. (Gouverneur Generaal) Limberg V. Sterium. Pada masa itu, Hizbul Wathan yang merupakan organisasi Muhammadiyah menjadi tulang punggung bagi PKU Muhammadiyah dalam mencari dana juga memberikan pertolongan pertama. 

Pada tahun 1929-1930 PKU Muhammadiyah pindah lagi ke Jl. K.H. Mas Mansyur No. 180-182, gedung yang ditempati sampai sekarang ini. Sebelumnya PKU sempat bertempat sementara di Ampel Maghfur. Sejak saat itu pimpinan Balai Kesehatan Muhammadiyah berpindah tangan kepada dr. Muh. Soewandhie. 

Kemajuan yang dialami PKU Muhammadiyah semakin meningkat sehingga dapat membuka cabang di Jl. Wonorejo dan di Jl. Dinoyo, yang pimpinannya diserahkan kepada Dr. Kasjmir Harahap. Cabang yang berada di Jl. Konstruksi (Kali Sosok) dipimpin oleh Dr. Utoro yang kemudian diganti oleh Dr. Soedarso. 

Selanjutnya PKU Muhammadiyah sempat vakum karena pengurusnya (Dr. Kusnuljakin) ditangkap dan ditawan oleh penjajah. Sekeluarnya dari tawanan Kalisosok, beliau mengabdikan diri lagi di Poliklinik Muhamadiyah Jl. K.H. Mas Mansyur. Sejak saat itulah PKU Muhammadiyah mulai aktif kembali dan diresmikan pembukaannya pada tanggal 1 Nopember 1949 (sebelum penyerahan kedaulatan RI). Dr. Kusnuljakin sendiri memimpin PKU Muhammadiyah sampai tahun 1965. 

Pada era sampai dengan tahun 2002 pelayanan yang diberikan RS PKU Muhammadiyah adalah pelayanan Poli Umum, Poli KIA, dan Rumah Bersalin. Nmaun seiring dengan perkembangannya maka pada tahun 2002 dimulailah era baru dalam sejarah PKU Muhammadiyah Surabaya, yaitu pada tanggal 19 Agustus 2002 resmi menjadi Rumah Sakit Umum. Pembangunan fisiknya sendiri dimulai pada tanggal 27 September 2001 sampai dengan 28 Februari 2002, yaitu dengan dibangunnya Gedung A. Kemudian pada tanggal 14 Maret 2002, Walikota Surabaya Bp. Bambang D.H meresmikan Gedung Baru Rumah Sakit Muhammadiyah Surabaya. Pembangunan fisiknya kemudian berlanjut dengan dibangunnya Gedung B dan Gedung C pada tanggal 1 Januari 2004 sampai dengan 31 Maret 2005. Pada tanggal 5 Desember 2012 nama Rumah Sakit Muhammadiyah Surabaya bertransformasi menjadi Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Surabaya.

Adapun Dokter penanggung jawab dan Direktur yang pernah memimpin mulai dari poliklinik PKU, Balai Kesehatan Muhammadiyah sampai menjadi Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Surabaya adalah sebagai berikut :

• Tahun 1924 – 1929 dipimpin oleh dr. Soedjono
• Tahun 1929 – 1930 dipimpin oleh dr. Muh. Soewandhie
• Tahun 1930 – 1965 dipimpin oleh dr. Kusnuljakin
• Tahun 1965 – 1987 dipimpin oleh dr. M. Soeherman
• Tahun 1987 – 1992 dipimpin oleh dr. Mutadi
• Tahun 1992 – 2002 dipimpin oleh dr. H.M. Usman, Sp.FK
• Tahun 2002 – 2013 dipimpin oleh dr. H. Sukadiono,MM
• Tahun 2013 – 2017 dipimpin oleh dr. Achmad Aziz
• Tahun 2018 – 2022 dipimpin oleh dr. Enik Srihartati, M.Kes., Sp.KK.
• Tahun 2022 – Sekarang dipimpin oleh drg. Devita Eryani Putri